人の暮らしを守るために必要な治水機能を保ちながら、過去に失われた自然を積極的に取り戻すことを通じて、生態系の健全性を回復させることを目的として行うのが「自然再生事業」です。
円山川の自然再生事業は、かつてコウノトリが生息していた頃の多様な生態系の再生を目標としますが、単に生き物を中心としたものではなく、これらの生物や河川をとりまく人々との関係も考慮し、円山川にふさわしい再生を行っていきます。

　上ノ郷地区の大規模な河畔林、下鶴井地区や菊屋島の広大なヨシ原など、動植物の生息・生育場・小型生物の避難場所として高い機能を持った自然環境を保全・再生・創出します。

　高水敷の水際部を切り下げた湿地や環境遷移帯の再生、既存の水田やワンドなどを利用した湿地の再生により、多様な河川環境を再生・創出していきます。

　河川の上下流のつながりを分断する堰や、河川と支川、水路などの流域とのつながりを分断する樋門に、魚道を設置、改善することで水生生物の移動経路を確保します。

　地域や学校などと連携して川づくりを行うことで、かつての身近な川を再生します。また環境学習の場となるような拠点づくりを行います。