(この沿革図には、利水系・河川系・砂防系大きく三つの系統に分けた歴代事務所の名称及び管轄省名称変遷が、時系列で並んで記されています)
(内務省)
琵琶湖利水工事事務所
昭和18年12月〜昭和28年3月
*河川系と瀬田川洗堰監視所(昭和18年7月〜昭和30年3月)で合流
(内務省)
淀川改良第三工区事務所
明治33年4月〜明治43年12月
↓
南郷工営所
明治43年12月〜明治44年3月
↓
瀬田川看守場
明治44年4月〜昭和18年6月
↓
(内務省)→(建設省 昭和23年7月〜)
瀬田川洗堰監視所
昭和18年7月〜昭和30年3月
↓
瀬田川洗堰管理所
昭和30年4月〜昭和33年5月
↓
瀬田川洗堰工事事務所
昭和33年6月〜昭和36年8月
(内務省)
岩根砂防工営所
明治21年4月〜明治41年3月
↓
雲井砂防工営所
明治41年4月〜明治44年3月
↓
雲井砂防工場
明治44年4月〜昭和15年4月
(内務省)
淀川土木局出張所
羽栗村砂防工営所
明治11年10月〜明治20年12月
↓
下田上砂防工営所
明治21年1月〜明治44年3月
↓
下田上砂防工場
明治44年4月〜昭和15年4月
瀬田川砂防工場
昭和15年4月〜昭和22年12月
↓
(内務省)→(建設省 昭和23年7月〜)
瀬田川砂防工事事務所
昭和23年1月〜昭和39年6月
(建設省) → (国土交通省 平成13年1月〜)
琵琶湖工事事務所
昭和36年9月〜平成15年3月
↓
(国土交通省)
琵琶湖河川事務所
平成15年4月〜