九頭竜川の名の由来には、いろいろな説があります。

一つは寛平元年(889年)6月、平泉寺の白山権現が衆徒の前に示現され、その尊像を川に浮かばせたところ、一身九頭の竜が現れ、尊像を捧げいただき流れに下って黒竜大名神社の対岸に着かれました。それ以降、この川を九頭竜川と名付けられました。(「越前名蹟考」)。

二つ目は、承平の頃(931年頃)国土を譲るために国の四隅、すなわち東は常奥の鹿島、西は安芸の厳島、南は紀伊の熊野、そして北は越前の崩山の黒竜大明神に四神が置かれました。この黒竜大明神の祭神は水体、黒竜王であり、その前を流れる川を「黒竜川」と呼ばれました(「国主記」)。

三つめは、荘園当時に記された「大乗院寺社雑事記」(1480年)の絵図に「崩川」という名前が見られ、「太平記」には黒竜神社を"クズレ明神"と記されています。このようなことから、時を経て九頭竜川と名付けられたのです。