九頭竜川流域の獣類は、水生哺乳類、モグラ目、コウモリ目およびネズミ目のうちネズミ科を除くと11科18種の分布が確認されている。
　このうち天然記念物指定獣類は、ニホンカモシカ、ヤマネ、ニホンカワウソである。ニホンカモシカは九頭竜川流域では山間部に生息するものと思われる。ヤマネは昭和50年(1975)６月に大野市において１頭確認されているが、現在では不明である。また、ニホンカワウソは現在では絶滅したと考えられている。この他、希少なものとして、ニホンイノシシ、ホンシュウモモンガ、ホンシュウジカが挙げられる。
　九頭竜川においては、平成８年(1996)冬期の哺乳類調査でノウサギ・イタチ・アカネズミ、そしてコウベモグラなど４目６科13種が確認された。特にコウベモグラは、堤防法面や高水敷にモグラトンネルを多く作っているのが確認された。