領国経営の中心として城下町が成立し、支配の象徴として偉容を誇る天守閣をはじめとする城郭も整備された。武士を城下町に集住させ、それらの日常生活をまかなう町人（商人・職人）を地子や諸役を免除して城下町に住まわせ、侍町や町人町、寺町など居住区を区分し、城下町への入り口には大木戸や門を設けて町と在を区別した。村々では農民を検地帳に登録して土地に縛り、年貢納入を義務づけた。
　慶長国絵図で「町」とされている所は、北ノ庄のほか、石場・丸岡・大野・府中・東郷・敦賀であるが、北袋とある勝山も町を形成していた。これらは、後に城下町・湊町・在町として発展した。
　町は農村と区分されて成立していったが、諸藩が分立していたこともあって、町支配や町政の機構などは必ずしも一律ではなかった。城下町は、原則として町奉行（寺社町奉行）の支配とされ、町年寄制が執られた。三国は、金津奉行の支配下にあり、問丸以下の町役人を置いていた。農村部は、郡奉行の支配下に置かれていた。