真名川の砂防区域は、真名川ダムより上流の223.7km²の面積を有し、笹生川および雲川の２支川からなっている。
  笹生川は、伊勢峠に源を発し西流しながら、途中において屏風山（標高1354ｍ）を源とする中ノ水谷川、蠅帽子峠（標高1037ｍ）を源とする蠅帽子川、越山（標高1129ｍ）・姥ヶ岳（標高1454ｍ）に連なる峰々を源とする小沢川などの諸河川を集め、笹生川ダム貯水池に至り、ダム下流からは流れを北西に転じて、狭窄部を曲流しながら中島で雲川と合流し、真名川となって仙翁谷・モッカ谷を合わせ真名川ダムに至る。
  雲川は、上流を温見川と呼び越美山地の能郷白山（標高1617ｍ）に連なる温見峠に源を発し、途中で白谷を合わせ1,000ｍを越す山岳地域の谷を貫流して雲川ダム貯水池に至り、若丸山（標高1286ｍ）を源とする左支川の熊河川と合流して雲川となり、雲川ダムを経て北東に流れを変え、左から巣原鎌谷川、右から巣原川を合わせて下り、部子山（標高1464ｍ）を源とする大雲谷川を合わせて中島にて真名川ダム貯水池に入る。