九頭竜川流域の水質定期測定地点は、平成12年３月現在、建設省７地点、県等が34地点の計41地点あり、月１回 （ダム湖および支川は年６回）を標準として生活環境項目、健康項目をはじめとする河川水質を定常的に監視している。また、支川日野川の深谷地点には、昭和49年度に水質自動監視装置を設置し、平成６年度からテレメータ化することで、水質の常時監視に役立てている。
　建設省近畿地方建設局福井工事事務所と福井県では、河川巡視を行い、河川管理および水質監視の強化を図っている。
  異常水質発生時の体制については、「福井工事事務所水質管理運営計画書」を定めるとともに、九頭竜川・北川水系河川水質汚濁防止連絡協議会の緊急連絡体制により情報交換を行い、水質事故時の対応を行っている。
　九頭竜川流域の水質測定は、福井県知事が定める水質測定計画により、それぞれの機関が実施しており、直轄管理区間は建設省が、県管理区間は福井県が実施している。
  建設省の九頭竜川流域での水質調査は、昭和42年から開始された。当時は九頭竜川本川の布施田、中角、日野川の深谷、三尾野の４地点であったが、現在では三尾野に代わって日光橋で観測が行われ、その後、九頭竜川の河口（新保橋）と高屋橋が追加された。河川としては計６地点、さらに九頭竜ダムで水質調査が行われている。また、真名川ダム貯水池においても調査を行っている。
　水質測定地点を示すと表5.1.5、図5.1.7のとおりである。