琵琶湖・淀川を構成する基礎的要素である水は、生態系や人間にとって不可欠な存在、いわば「生命の水」であり、水源かん養機能や地下水の流動を含めた水循環系を適正に保全再生するため、水循環系についての調査研究を行い、適正な水管理のための水環境改善計画を作成するとともに、『生命(いのち)の水再生』アクションプランを策定し、その着実な実施を図ります。
さらに、琵琶湖・淀川そのものを「流域ミュージアム」として位置づけ、水にかかわる自然、歴史、文化等について、学習・体験するなかで、水と人とのつながりを再認識できるよう、情報発信や施設整備を行います。