総務課

• 事務所の総合的な窓口
• 庁舎などの管理に関すること

経理課

• 契約にもとづく支払に関すること
• 工事、業務、物品購入などの契約に関すること

用地課

• 事業に必要な土地の取得及び支障物件の移転補償に関すること
• 工事等による損害の賠償及び補償に関すること
• 事業用地の管理に関すること

工務課

• 瀬田川、野洲川の改修の計画、実施に関すること
• 大津放水路の建設に関すること
• 土砂災害に関する調査
• 砂防施設に関すること
• 砂防指定地に関すること
• 船舶・車両、ゲート設備など機械設備関係の維持管理に関すること

開発工務課

• 天ヶ瀬ダム再開発事業に関すること

品質確保課

• 工事等の発注に係る技術的提案の審査、評価に関すること

調査課

• 水理水文に関すること
• 河川防災（風水害、地震）、浸水想定区域に関すること
• 淀川水系河川整備計画に関すること
• ウォーターステーション琵琶や住民との連携に関すること

河川環境課

• 管理区間及び琵琶湖の水質および環境に関すること
• 水質事故に関すること
• アクア琵琶の運営に関すること

管理課

• 滋賀県内の一級河川（琵琶湖を含む）における河川法に基づく一定量以上の取水に関する許認可についての技術的審査
• 管理区間の維持修繕、樋門・水門の操作、河川巡視に関すること
• 管理区間の電気通信設備に関すること

占用調整課

• 管理区間の河川法に基づく許認可に関すること
• 滋賀県内の一級河川（琵琶湖を含む）における河川法に基づく一定量以上の取水に関しての河川法に基づく許認可に関すること
• 管理区間の河川区域（国有地）境界との調整に関すること
• 管理区間の不法占用対策に関すること
• 瀬田川水辺協議会および河川保全利用委員会に関すること

流水調整課

• 瀬田川洗堰の操作に関すること

住民連携推進グループ

瀬田川出張所・野洲川出張所・田上砂防出張所

• 各管理区間の工事監督・施設管理等に関すること
• 各管理区間内の河川の占用許認可、相談窓口