琵琶湖の治水に関する歴史は古く、最古のものは奈良時代までさかのぼることができ、現在に至るまで多くの改修工事が展開されてきた。その過程で、瀬田川に洗堰が設置され、琵琶湖の水位はある程度人為的に管理されることとなった。また、昭和47年からは琵琶湖総合開発事業が実施され、治水においても一定の成果は上がったものの、瀬田川洗堰から宇治川の疎通能力の増強は依然として不十分な状況にある。
洪水被害、特に琵琶湖沿岸の浸水被害については、今後たとえ既定計画に基づき上記の不十分な状況にある瀬田川から宇治川の流下能力向上をはかっても解消することは出来ず、浸水が想定される区域における新たな土地利用も見受けられ、今後も進むことが予想される。
さらに、平成16年7月新潟・福島豪雨災害や平成16年7月福井豪雨災害においては、自治体の情報の伝達や、高齢者の避難における課題が浮き彫りになった。
また、「淀川水系河川整備計画基礎案」では、浸水被害の回避・軽減を目標として、「水害に強い地域づくり協議会（仮称）」を設置することとしている。この協議会においては、流域の住民自らが洪水被害を回避できるようなシステムづくり（自分で守る）や、水防活動や避難行動を支援するための整備を検討する（みんなで守る）こととしているが、さらに、地域整備の視点から土地利用の規制・誘導等を含めた被害を軽減するための方策（地域で守る）を検討することとしている。
そこで、大津市、草津市、守山市、栗東市、中主町及び野洲町を対象として、専門的な学識経験等に基づく助言をいただきながら、琵琶湖沿岸及び野洲川の洪水被害の回避・軽減を目指し、流域の住民自らが被害を回避・軽減できるような各種の流域対策について、直轄河川の管理者であり瀬田川洗堰の操作により琵琶湖の水位管理を行っている琵琶湖河川事務所と、琵琶湖を管理する滋賀県が共同で協議会を設立するものである。
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