九頭竜川流域には、竹田川漁協、勝山市漁協、大野市漁協、九頭竜川中部漁協、足羽川漁協、日野川漁協、奥越漁協の７団体の内水面漁業協同組合がある。これらの漁協は、主としてアユやサケ・マス類、コイ・フナ類などを対象とした漁業を営んでいる。
平成７年１月～12月末までの九頭竜川およびその他河川での魚種別漁獲量は、福井県統計書によると表1.3.12のとおりである。アユの漁獲量が約84％を占めている。
平成７年１月～12月末までの九頭竜川およびその他河川での魚種別漁獲量は、福井県統計書によると表1.3.12のとおりである。アユの漁獲量が約84％を占めている。
表1.3.12 内水面漁業の魚種別漁獲数量(単位：t)（※福井県統計年鑑による）
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| 河川別/魚種別 | さけ | にじます | いわな やまめ |
その他の さけ・ます類 |
あゆ | こい | ふな | うぐい | その他 |
| 九頭竜川 | 5 | 3 | 6 | 10 | 253 | 8 | 7 | 4 | 3 |
| その他河川 | - | - | 1 | 1 | 27 | 2 | 1 | 1 | 3 |
| 計 | 5 | 3 | 7 | 11 | 280 | 10 | 8 | 5 | 6 |
年度別漁獲量推移をみると、昭和55年～平成２年頃の間は約600tonであったが、平成５年頃から減少し、平成７年には約300tとなっている。これは、アユの生育不良に起因している。そこで、アユ種苗の琵琶湖産依存から、福井県内水面総合センターでアユ種苗を生産供給し、県内産による資源量増加のための施策が、平成９年度より進められている。