江戸時代における治水事業は、原則として流域内の各藩が独自に行っていたが、幕末になると政治的・経済的混乱によって山地や河川の手入れがおろそかになり荒廃の状態で放置されるに至った。
  明治維新後の政府は、治水に重点を置き、明治元年(1868)に治河使を設置して「澱河堤防等十分ニ修復致シ以後水害ヲ除キ民利ヲ起シ」という方針を示した。そして河川の管理は、翌２年(1869)に民部省に設置された土木司の管理下になり、同４年(1871)には工部省に、同７年(1874)には新設された内務省に移管された。
　同６年(1873)制定の「河港道路修築規則」（大蔵省番外）では三等に分けられた。一等河は「一河ニシテ其利害数県ニ関スル」河川、二等河は「他管轄ノ利害ニ関セサル」河川、三等河は「市街郡村ノ利害ニ関スル」河川および灌漑用水路・悪水路である。一等・二等河は工事費用の６割を官費、残りの４割を民費で負担、三等河は地方民が負担する、という治水行政の基本が定められた。
　敦賀県では、明治７年５月の「民費賦課之規則」（敦賀県120号）に、二等河として「九頭竜河真名河日野河足羽河佐分利河南北耳河以上八大河」があげられ、三等河として「若越二国支流四十八川ナリ」と記されている。
  同14年(1881)10月、福井県では「地方費ニ係ル道路橋梁費支出規則」を布達し、翌年には「土木費規則」と改称され、河川と港湾が追加された。その第４条によると、基本的には町村で工費を負担することとし、補助金として地方費を支出することになった。同条第１項では、九分を地方費で負担する河港として九頭竜川、真名川、日野川、足羽川、南川、北川、佐分利川、敦賀港湾、坂井港湾、小浜港湾を対象とした。第２項の七分を地方費で負担する河川として滝波川、竹田川、田倉川、天王川、浅水川、魚見川、耳川、笙ノ川、黒河川、関屋川、子生川、田村川、遠敷川、松永川があげられている。さらに第５条・６条では、多額の工事費の場合の地方費による補助基準を定めている。このように、地方費からの補助を介して道路・橋梁と同様に、福井県下の河川・港湾管理の統一的な基準が作成された。
  しかし政府は、明治14年度から原則として官費の下げ渡し金を廃止したため、不況とあいまって地方民の負担が一層大きくなった。
  当時は鉄道が未発達であり、河川舟運による物資輸送が主流をなしていたため、河川行政においても洪水防御よりも舟運路確保の低水工事が中心であった。