九頭竜川は、福井県と岐阜県の県境の油坂峠に源を発し、大野盆地、福井平野を経て日本海に注ぐ一級河川です。古くから氾濫を繰り返し暴れ川として恐れられる一方で、九頭竜川の豊かな自然環境が母なる川として地域住民に親しまれてきました。

九頭竜川水系では、これまでに、洪水氾濫等から地域住民の生命や財産を守るための治水事業や、水資源開発のための利水事業が行なわれ、効果をあげてきました。
しかしその一方で、九頭竜川の豊かな自然環境の一部が失われつつあるなどの影響が出始めています。
九頭竜川下流では、国の天然記念物に指定されているオオヒシクイなどの鳥類をはじめとする多種多様な生物のすみかや餌場となっているマコモ・ヨシ群落等の抽水植物の生育する浅場が、河岸の浸食等によって減少してきています。
また、中流では、大きな出水が少なくなり河床の高い箇所で樹木の繁茂が目立つようになり、「九頭竜川らしさ」が失われてきたという声も聞かれるようになりました。また、瀬・淵の連続する中流域で豊富に生息し、地元の漁業資源として利用されてきたアラレガコも、近年では生息数が減少してきているという指摘があります。
さらに、九頭竜川への支川流入部における落差や形状によって、本・支川間の生物移動の不連続性が課題となっています。
長い歴史の中で流域の財産であった「九頭竜川らしさ」を取り戻すためには、治水等の整備を進めながら、水際環境の多様性の減少、砂礫河原の減少、河道内の樹木の繁茂、瀬淵の減少、生物移動の不連続性といった課題に対処する必要があります。

このような状況を踏まえ、国土交通省福井河川国道事務所では、九頭竜川水系における生態系の多様性を保全・再生することを目的として、九頭竜川、日野川の国管理区間で「九頭竜川自然再生計画」を策定することとしました。

また、この計画の策定に当たっては、専門的知識を有する学識経験者のご指導、地元住民の方々のご協力が不可欠であると考え、本検討会を設置することとしました。 本検討会は、「九頭竜川自然再生計画」についての指導・助言をいただき、九頭竜川の生態系の保全・再生を行うものです。