| 水域の範囲 | 類型 | 達成 期間  | 
            指定年月日 | 最終改定年月日 | 備考 | 
|---|---|---|---|---|---|
| [淀川] | |||||
| 淀川下流(1)(宇治川合流点から長柄堰まで) | B | ハ | 昭和45年9月1日 | ||
| 淀川下流(2)(長柄堰より下流) | C | イ | 昭和45年9月1日 | 平成15年3月27日 | |
| 芥川(1)(京都府界から塚脇橋まで) | A | イ | 昭和50年10月8日 | ||
| 芥川(2)(塚脇橋より下流) | A | イ | 昭和50年10月8日 | 平成15年5月16日 | |
| 檜尾川(全域) | B | イ | 昭和50年10月8日 | 平成21年6月30日 | |
| 穂谷川(全域) | B | ハ | 昭和50年10月8日 | ||
| 船橋川(全域) | B | ハ | 昭和50年10月8日 | ||
| 天野川(奈良県界より下流) | B | ハ | 昭和50年10月8日 | ||
| 水無瀬川(全域) | A | イ | 平成4年2月26日 | ||
| [宇治川] | |||||
| 宇治川(1)(山科川合流点より上流) | A | ハ | 昭和45年9月1日 | ||
| 宇治川(2)(山科川合流点から三川合流点まで) | B | ハ | 昭和45年9月1日 | ||
| 田原川(全域) | A | イ | 平成8年3月29日 | 平成22年12月28日 | |
| [木津川] | |||||
| 木津川(名張川合流点から淀川合流点まで) | A | イ | 昭和47年11月6日 | ||
| [桂川] | |||||
| 桂川上流(渡月橋より上流) | A | イ | 昭和45年9月1日 | ||
| 桂川下流(1)(渡月橋から天神川合流点まで) | A | イ | 昭和45年9月1日 | 平成22年12月28日 | |
| 桂川下流(2)(天神川合流点から宇治川合流点まで) | A | イ | 昭和45年9月1日 | 平成22年12月28日 | |
| 鴨川上流(1)(高野川合流点より上流) | A | イ | 昭和45年9月1日 | 平成22年12月28日 | |
| 鴨川上流(2)(高野川合流点から勧進橋まで) | A | イ | 昭和45年9月1日 | 平成8年3月29日 | |
| 鴨川下流(勧進橋より下流) | A | イ | 昭和45年9月1日 | 平成22年12月28日 | |
| 小畑川上流(京都市と長岡京市の境界より上流) | A | イ | 昭和53年3月24日 | 平成22年12月28日 | |
| 小畑川下流(京都市と長岡京市の境界より下流) | A | イ | 昭和53年3月24日 | 平成22年12月28日 | |
| 高野川上流(花園川合流点より上流) | AA | イ | 昭和53年3月24日 | ||
| 高野川下流(花園川合流点より下流) | A | イ | 昭和53年3月24日 | 平成8年3月29日 | |
| 清滝川(全域) | AA | イ | 昭和53年3月24日 | ||
| 弓削川(全域) | A | イ | 平成8年3月29日 | ||
| 園部川(全域) | A | イ | 平成8年3月29日 | 平成22年12月28日 | |
| 犬飼川(全域) | A | イ | 平成8年3月29日 | 平成22年12月28日 | |
| 有栖川(全域) | A | イ | 平成8年3月29日 | 平成22年12月28日 | |
| 天神川(全域) | A | イ | 平成8年3月29日 | 平成22年12月28日 | |